Сценарий переписывался несколько раз. Примечательно, что Стругацкие терпеливо относились к настолько вольному изменению их произведения.
Только в девятой версии сценария Стругацкие придумали нового персонажа — Сталкера-юродивого. Кадры с кастинга фильма "Сталкер"
Примечательно, что фильм фактически снимали дважды, поскольку первый вариант фильма был уничтожен из-за халатности персонала, не умевшего правильно обращаться с киноплёнкой Kodak. Позже Тарковский скажет на этот счёт: "ни одна мать не рожает одного и того же ребенка дважды", сожалея об утраченном материале.
Во время работы над фильмом Тарковский разругался с оператором Георгием Рербергом. В результате их ссоры оператора отстранили от работы.
В 1977 году работу над фильмом временно прекратили. Был велик шанс того, что картина так и не будет снята из-за дефицита финансирования.
Весной 1978 года Тарковский получает инфаркт из-за постоянных ссор с коллегами, стресса и напряжённого графика работы.
Съёмки завершились 19 декабря 1978 года. Для окончания съёмок пришлось дополнительно изыскивать 300 000 рублей. В результате бюджет фильма превысил миллион рублей.