В ходе крымского кризиса весной 2014 года Джемилев резко выступил против вхождения Крыма в состав России, однако от призывов к акциям протеста воздержался.
11 марта он заявил, что Россия рискует получить повторение кровавых чеченских конфликтов в случае «аннексии Крыма»[10].
12 марта Джемилев встретился в Москве с бывшим президентом Татарстана Минтимером Шаймиевым[11]. Здесь же по инициативе президента России состоялся продолжительный телефонный разговор Джемилева и В.Путина[12], после которого рассказал, что Владимир Путин не опровергал присутствие российских войск в Крыму и заявил, что самопровозглашение независимой Украины не соответствовало нормам, предусматривающим процедуру выхода из состава СССР. По словам Джемилева, Путин сообщил также, что дал распоряжение избежать каких бы то ни было эксцессов с крымскими татарами[13].
14 марта Джемилев, встретившийся в штаб-квартире НАТО с представителями Европейской службы внешних действий и лидерами НАТО, призвал ввести миротворческие войска ООН в Крым и призвал европейских дипломатов и представителей НАТО не принимать во внимание результаты предстоящего референдума[14]. 17 марта Джемилев встретился в Измире с премьер-министром Турции Реджепом Эрдоганом[15].
После вхождения Республики Крым в состав России Джемилев заявил, что российские власти запретили ему въезд на территорию Крыма[16].
31 марта, выступая на неформальной встрече Совбеза ООН, созванной по инициативе Литвы и Украины, Мустафа Джемилев заявил, что только коренное население имеет право решать вопрос самоопределения той или иной территории, и назвал крымский референдум циничным и абсурдным. Он также утверждал, что располагает сведениями, согласно которым реальная явка на референдум в Крыму составила «не 82 %, как утверждалось оккупационными властями, а всего 32,4 %»[17].
В начале апреля 2014 года Джемилев обращался к правительству Турции с призывом закрыть Босфорский пролив для прохождения российских военных кораблей и направить турецкий флот к берегам полуострова, «чтобы агрессор не чувствовал себя так уверенно»; турецкая сторона, по его словам, ответила, что первый из этих шагов противоречит международным соглашениям по судоходству, а второй требует решения НАТО[18][19].
22 апреля 2014 года Мустафе Джемилеву при выезде из Крыма был вручён «Акт уведомления о неразрешении въезда в Российскую Федерацию» на срок до 19 апреля 2019 года[20][21]. 23 апреля заместитель руководителя временной группы ФМС России с местом дислокации на территории Республики Крым, начальник УФМС России по Новосибирской области Юрий Звягинцев на пресс-конференции, состоявшейся в Симферополе, заявил, что ФМС никакого отношения к этому инциденту не имеет[22].
Однако в первых числах мая Джемилев не смог попасть в Крым. Попытавшись добраться в Крым авиарейсом Москва-Симферополь, Джемилев прибыл в Москву из Киева, однако его не пропустили через пункт паспортного контроля, заявив, что ему въезд запрещён[23]. Возвратившись на Украину, Джемилев попытался вернуться в Крым через КПП в Армянске. Эта попытка также не удалась. Трасса Армянск-Херсон была блокирована бойцами ОМОН и других силовых спецподразделений, автомобилями «Урал», бронетехникой. Встречавшие Джемилева многочисленные крымские татары прорвались сквозь цепь омоновцев, но провести в Крым Джемилева им не удалось[24].
Против возвращения и, особенно, возможной деятельности экс-председателя меджлиса выступает руководитель нынешнего правительства Крыма Сергей Аксёнов[25].
Джемилев подтвердил, что ему неоднократно говорили о запрете въезда в Россию до 2019 года, но при этом он не получил ни одного официального документа по этому поводу[26].
1 сентября Рефат Чубаров сообщил о том, что в течение августа в Крыму у книжных магазинов и частных реализаторов прошли рейды сотрудников ФСБ по изъятию ряда книги. Среди них оказалась вышедшая в 2014 году книга крымского историка Гульнары Бекировой «Мустафа Джемилев: На протяжении десятилетий голос крымских татар не был услышан», в которую вошли материалы о судебных процессах, посвященные Джемилеву отрывки из мемуаров правозащитников, его последнее слово на Омском процессе 1976 года, интервью, выступления с трибуны Верховной Рады Украины и сцены Евромайдана, а также его речь на закрытом заседании Совета Безопасности Организации Объединенных Наций 31 марта 2014 года[27].