Ну во-превых, проверка видимо не коснётся самого сервера, где стоит контроллер? или на него есть лицензия
А во-вторых, подключить рабочие машины на linux к домену та можно, через samba, только смысл, если у вас скорее всего есть клиентский софт привязанный к Windows окружению и врятли пользователи будут переучиваться. Тут больше организационный момент, а не технический.