Так на скелетную анимацию накладывают остальное изображение.
Если это не компом сделано, то скорее всего художникам эти "скелеты" дают возможность не ошибаться в размерах и позиции. Ну а скелетку отдельно разрабатывали. Конвеерное производство все таки этих мультиков.