После победы революции Че Гевара получил кубинское гражданство, был начальником гарнизона крепости Ла-Кабанья (Гавана), директором Управления промышленного развития страны, участвовал в подготовке аграрной реформы.
В ноябре 1959 — феврале 1961 года был президентом Национального банка Кубы.
В 1960 году Че Гевара во главе экономической миссии Кубы посетил страны социалистического блока, в том числе Советский Союз.
В феврале 1961 года был назначен министром промышленности и главой Центрального совета планирования Кубы.
Че Гевара был одним из лидеров "Движения 26 июля", затем членом национального руководства Единой партии социалистической революции.
В апреле 1965 года обратился с письмом к Фиделю Кастро о своем решении продолжать участие в революционном движении одной из стран мира и покинул Кубу.
В 2000 году журнал "Тайм" включил Че Гевару в списки "20 героев и икон" и "Ста важнейших персон 20-го века".
Изображение команданте имеется на всех купюрах достоинством три кубинских песо.