Ядреной бонбе как-то плевать на глубину прибрежных вод - достанет даже на дне, если лодка будет на нем лежать.
При подрыве атомной боеголовки в порту будет уничтожен весь рейд. А подводные лодки на рейде стоят в надводном положении.
Для их защиты и нужна была эта "пещера".