ЗавершающаяРоль католической церкви в НГХ и геноциде сербов оценивается по-разному: от обвинений в подстрекательствах и прямом участии в геноциде до утверждений о попытках католического духовенства спасти сербское население. В основном, полемика по этому вопросу сводится к обсуждению двух фигур — папы Пия XII и архиепископа Загреба Степинаца.
Архиепископ Степинац в начале существования НГХ безоговорочно поддерживал Павелича и его усташей. Оказать им поддержку он призвал как католическое духовенство, так и население страны. 26 июня 1941 Степинац лично заверил Павелича в «искреннем и лояльном сотрудничестве для лучшего будущего нашей родины». Сразу после провозглашения НГХ он начал настаивать на дипломатическом признании нового усташского государства со стороны Святого Престола и сделал многое для налаживания связей между Ватиканом и новым хорватским государством.
5 мая 1941 года Павелич и министр образования и культа Миле Будак приняли «Закон о религиозном обращении», принуждавший православных принимать католичество. Вслед за этим официальное периодическое издание курии Загреба «Katolicki List» выпустило сообщение Степинаца, который называл сербов «ренегатами католической церкви» и одобрял новый закон. Данное издание 31 июля того же года призывало ускорить процесс обращения сербов в католичество. В 1943 году Степинац писал в Ватикан, что в НГХ обращено в католичество 240 000 сербов.
Степинац также был апостольским викарием усташских вооружённых сил, то есть начальником всех капелланов. Военные формирования НГХ имели в своих рядах военных священников. Всего их было 150, они подчинялись военному папскому викарию, то есть архиепископу Степинацу. Некоторые из них лично принимали участие в уничтожении сербов. Другие ограничивались тем, что пытались оправдать эти убийства.
На протяжении войны папа Пий XII неоднократно получал сообщения о творимых в НГХ преступлениях против православного населения и об участии в них католических священников и монахов, однако отказался что-либо предпринять. Аналогичную позицию заняли Степинац и католический архиепископ Белграда Йосип Ужице, которым регулярно доставляли информацию об уничтожении сербов.
Итальянский журналист Курцио Малапарте в своей книге писал о встрече с Анте Павеличем- На его столе стояла лозовая корзинка с приподнятой крышкой, она была полна дарами моря, похоже, устрицами, не уже без раковин, такие иногда выставляют в витринах магазинов на Пикадилли.
- Это далматские устрицы? – спросил я поглавника.
Анте Павелич поднял крышку, и демонстрируя нам склизкую желатинообразную массу, сказал с улыбкой, со своей доброй усталой улыбкой:
- Это подарок от моих верных усташей, двадцать килограммов человеческих глаз».
После победы Антифашистской коалиции во Второй мировой войне в мае 1945 г. многие члены режима усташей бежали за границу. Непосредственно после окончания войны остатки усташей, части армии (Domobrani) и враждующие с Тито сербские и словенские националистические отряды сдались англичанам в сегодняшней Австрии, но были выданы обратно югославским коммунистам, которые расстреляли большинство из них. Массовая казнь усташей в австрийском г. Блайбург получила в истории название Блайбургская бойня.
Большая часть руководства усташей, включая Павелича, уже довольно рано бежала из страны. По так называемой крысиной линии, организованной католическими священниками — членами организации, несколько сотен усташей пробрались в Италию, откуда эмигрировали на кораблях в Аргентину, США, Канаду или Испанию. Сам Павелич в 1947 прибыл в Аргентину и прожил до конца 1950-х в Буэнос-Айресе, где служил советником по безопасности аргентинского диктатора Хуана Перона. Там же он основал так называемое хорватское правительство в изгнании, не признанное ни одним государством.В 1959 году Павелич перебрался во франкистскую Испанию, где и умер в том же году. За несколько часов до смерти его благословил папа Иоанн XXIII.
Точных данных о жертвах геноцида, устроенного усташами, до сих пор нет – называются цифры и в 700 тысяч, и в 1 миллион 200 тысяч человек. Как писал атташе Гитлера на Балканах, «предводители усташей заявляли, что уничтожили миллион сербов, включая новорожденных».
Павелич и Степинац.