От 1 до 3% - это весьма мало ( с учтом того, что это не от всего генома, а лишь от специфически "человеческой его части", которая составляет порядка 1,2% - это вот как раз те фрагменты генома которые у нас отличаются от генома человекообразных обезьян вроде шимпанзе). Меж тем мама дает 50%, папа - столько же.
А при 1-3% можно лишь говорит об относительно небольшой степени перекрестных связей меж сапиенс и неандертальцами, а вот потомство от этих связей в популяции сапиенс оказалось за счет приобретенных от неандертальцев особенностей наиболее успешным среди популяции в части выживаемости, потому "распылило" среди популяции свой геном, который в каждом последующем поколении все более и более "размывался".
Ну есть второй вариант - межвидовое скрещивание имело гораздо большие масштабы, но большая часть потомства как раз оказалась менее успешным в эволюционном плане и вымерло, не оставив потомства, а небольшое количество "удачных" комбинаций закрепилось, "размывшись" в генетическом плане в массе сапиенсов. Но по мне он менее вероятен.