Да везде всё одинаково грузилось. Просто в 95-98 установщик сам прописывал запуск винды (win.com) в autoexec.bat. Но в ручную так же можно было прописать и 3.11. Ещё 9x можно было настроить, чтоб они выходили в ДОС при завершении работы. Но уже не помню как. Кажись какой то ещё файлик в корне системного диска надо было поправить.
Я у себя всегда убирал запуск винды из autoexec'а, и ДОС сразу грузился.
А винду грузил руками, если надо, бо в те времена ДОС частенько нужен был.
Но неполноценные эти системы скорее не потому, что грузились из ДОСа,
а потому что не всегда работали в защищённом режиме, как современные
ОС, а периодически переключались в реальный режим, чтобы дать БИОСу обработать прерывания.
А так то из ДОСа можно и Линукс загрузить. Есть такая ДОСовская утилита - loadlin.exe.