По прибытии в Йокогаму он познакомился с Карлом Уиргманом - английским художником, который согласился рисовать эскизы и гравюры по его фотографиям. Тогда путешествовать по Японии было очень опасно: европейцев мог убить буквально любой человек. Однажды самураи взяли их в плен, откуда их освободили солдаты японского императора. Тем не менее, благодаря своей сообразительности и упорству, Беато добрался и на территории, контролируемые сегунатом. Фактически, он получил возможность воочию понаблюдать за последними годами жизни феодальной Японии.