Гм, по моему он это сделал еще в 8 сезоне, недавно пересматривал, 8 и 9 сезон почти всю дорогу пытались убить сына Скалли и Малдера.
Вот собственно:
После ухода Духовны из сериала многие фанаты перестали смотреть его и пропустили момент возвращения Малдера и дальнейшие события. Как же появился Уильям, сын Малдера и Скалли? Достоверно известно, что Скалли не могла иметь детей после похищения пришельцами, но решила попробовать искусственное оплодотворение. И попросила Малдера быть отцом ребенка (гены-то хорошие). Но Курильщик сказал в одной серии: «Я знаю, что однажды ты пустила Малдера к себе в постель». Так что наводит на мысли.