За годы разработки и эксплуатации РК 9К79 для него была создана широкая номенклатура типов боевого оснащения — разработаны и приняты на вооружение головные части, как в специальном (ядерном и химическом), так и в обычном снаряжении:
9Н39 — специальная ядерная ГЧ в составе ракеты 9М79Б (9М79-1Б), ядерный заряд типа АА-60, мощностью от 10 до 100 кт;
9Н64 — специальная ядерная ГЧ в составе ракеты 9М79Б1, ядерный заряд типа АА-86, мощностью до 200 кт (по другим данным — 100);
Специальная ядерная ГЧ в составе ракеты 9М79Б2, ядерный заряд типа АА-92, мощностью до 200 кт (по другим данным — 100 кт);
9Н123Ф — осколочно-фугасная ГЧ сосредоточенного действия, в составе ракет 9М79Ф (9М79-1Ф). Масса ГЧ 482 кг, масса взрывчатого вещества ТГ-20 — 162,5 кг, количество осколков — 14,5 тыс. Площадь поражения — 2-3 га. При подлёте к цели ракета совершает доворот (по углу тангажа), чтобы обеспечить угол встречи заряда с целью близкий к 90° для наиболее эффективного использования энергии взрыва БЧ. Для этого же ось заряда осколочно-фугасной ГЧ 9Н123Ф развёрнута относительно продольной оси ракеты на некоторый угол. Воздушный подрыв ГЧ 9Н123Ф производится на высоте 20 метров над поверхностью для достижения максимальной площади поражения;
9Н123К — кассетная ГЧ в составе ракет 9М79К (9М79-1К), содержащая 50 осколочных боевых элементов 9Н24 (массой по 7,45 кг, масса ВВ типа А-IX-20 — 1,45 кг, 316 осколков). Масса ГЧ 482 кг, количество осколков — 15,8 тыс. Подрыв центрального заряда и вскрытие БЧ инициируется радиодатчиком типа 9Э326 на высоте в 2250 м. Площадь поражения — 3,5-7 га. Предназначена такая боевая часть для поражения живой силы и небронированной техники, расположенной на открытой местности;
9Н123Ф-Р (9Н123Ф-Р2, 9Н123Ф-Р3) — осколочно-фугасная ГЧ с пассивной радиолокационной ГСН 9Н215 в составе противорадиолокационных ракет 9М79Р (9М79ФР, 9М79-1ФР), с РЧ типа 9М79М или 9М79-1, при подготовке к пуску устанавливалась частота излучения цели, площадь поражения до 2 га. начало разработки — 1971 г.;
9Н123Г — специальная химическая кассетная ГЧ, содержавшая 65 субэлементов снаряжённых 930 граммами вещества Р-33, каждый. Всего 60,5 кг отравляющего вещества;
9Н123Г2-1 — специальная химическая кассетная ГЧ, содержавшая 65 субэлементов снаряжённых веществом «Зоман» (Р-55). Всего 50,5 кг отравляющего вещества.
Также в некоторых источниках сообщается о наличии агитационной головной части.