27 марта 2019 года Абызов был арестован судом до 25 мая 2019 года. Интересы Абызова в суде представляют 8 адвокатов. Адвокатами предлагался домашний арест в Барвихе за залог в один миллиард рублей, но суд отказал, за Абызова поручались Аркадий Дворкович, Анатолий Чубайс, представитель главы ВЭБ Игоря Шувалова Наталья Тимакова, бывший руководитель администрации Кремля Александр Волошин и другие лица, 23 мая 2019 года Басманный суд продлил арест Абызову до 25 июля 2019 года. Также суд отметил, что следствие представило убедительные доказательства причастности Абызова к инкриминируемым ему преступлениям.
В июле 2020 Главным управлением по расследованию особо важных дел СК России установлена причастность Михаила Абызова и его соучастников к легализации денежных средств, полученных в результате совершения преступления, а также к коммерческому подкупу (пп. «а,б» ч.4 ст.174.1 УК РФ, ст.204 УК РФ). Также были выявлены соучастники, в частности, бывшие топ-менеджеры АО «Сибирская энергетическая компания» («СИБЭКО») Руслан Власов, Яна Балан и Оксана Роженкова, а также директор ООО «Ру-Ком» Олег Серебренников.
Главное управление по надзору за расследованием особо важных дел Генеральной прокуратуры Российской Федерации установило, что Абызов скрыл сведения о своем имущественном положении, включая владение оффшорными компаниями, а в период службы продолжал заниматься предпринимательством, используя служебное положение. В суд подан иск о взыскании с Абызова и подконтрольных ему иностранных компаний в доход Российской Федерации денежных средств в сумме 32,5 млрд рублей.
13 августа 2020 года Следственный комитет РФ завершил расследование и предъявил Абызову и его соучастникам окончательное обвинение в создании преступного сообщества, с целью осуществления мошеннических действий, легализации денежных средств, полученных в результате совершения преступления, в коммерческом подкупе и незаконном участии в предпринимательской деятельности.
20 октября 2020 года Гагаринский суд Москвы полностью удовлетворил исковые требования Генеральной прокураторы и взыскал с Абызова и ряда компаний 32 млрд 540 млн 718 тыс. 646 рублей 44 копейки, что стало рекордом в системе российского судопроизводства