Константин Хабенский с коллегами по студии творческого развития, Казань, 2012 год.
С 12 января 2000 года Константин Хабенский состоял в браке с журналисткой одной из радиостанций Санкт-Петербурга Анастасией Смирновой (31 марта 1975, Ленинград, СССР — 1 декабря 2008, Лос-Анджелес, США). Анастасия Хабенская снялась в эпизодических ролях в художественных фильмах и телесериалах «Линии судьбы» (2003, журналист), «Убойная сила-5» (2003, переводчик), «Sapiens» (2004, пассажир автомобиля), «9 месяцев» (2006, пресс-секретарь). 1 декабря 2008 года, после годичного лечения в Лос-Анджелесе, Анастасия умерла в 33 года от опухоли головного мозга, когда ее сыну был 1 год, похоронена 15 декабря 2008 года на Троекуровском кладбище в Москве.
От брака с Анастасией у Константина есть сын Иван Хабенский (род. 25 сентября 2007, Москва), в настоящее время проживающий вместе с бабушкой Инной Глебовной (бывшей тёщей Константина) в Барселоне (Испания).
Во второй раз Хабенский женился летом 2013 года на актрисе МХТ имени А. П. Чехова Ольге Литвиновой (род. 1981), являющейся дочерью Александра Георгиевича Литвинова (род. 9 октября 1950), Заслуженного работника культуры Российской Федерации, продюсера, основателя и генерального директора собственной продюсерской компании, ранее занимавшего должность первого заместителя генерального директора киноконцерна «Мосфильм». 3 июня 2016 года у супругов родился первый совместный ребёнок — дочь Александра. Роды проходили в Москве.
Константин долгие годы поддерживает дружеские отношения со своими однокурсниками по ЛГИТМиКу, в частности с Михаилом Пореченковым, Михаилом Трухиным и Андреем Зибровым.