Среди меня есть мнение, что кроме усадки тут играет роль еще один фактор: в те времена любую часть подвала старались использовать, сдавая внаём различным холопам. По сути они жили в подвале, но с окнами и дверями.
Т.к. этот подвал выполнял роль фундамента - со временем он неплохо проседал, постепенно скрываясь в земле.
Также нужно учесть, что раньше не было асфальтовых дорог, с которых дворник сметает всю грязь и пыль. Вместо этого грязь, листья, перегной постепенно накапливались, поглощая строения.