Самые первые флеш-накопители (или просто флешки) появились в 2000 году. Их изобрели сотрудники израильской компании M-Systems Амир Баном, Дов Моран и Оран Огдан. В апреле 1999 года в США был зарегистрирован патент на флешку, а в сентябре 2000 года был представлен и сам накопитель. Флешку назвали DiskOnKey, в США она продавалась совместно с IBM и несла на борту логотип американской корпорации. Первая флешка обладала 8 Мб памяти и стоила 50$, к концу года вышли модели на 16 Мб и 32 Мб (100$).
Одновременно с этим сингапурская компания Trek Technology представила свою разработку, повторяющую патент от M-Systems. Свое детище ThumbDrive объемом 8 Мб они презентовали в феврале 2000 года на выставке CeBIT в Германии. Trek Technology смогла доказать свое первенство в Сингапуре, но проиграла иски поданные в других странах.
Первые флешки имели проблему в виде ограничения количества циклов перезаписи ячеек флеш-памяти. Выходили из строя первые сектора, в которых размещаются таблицы файловой системы, накопитель переставал работать и восстановить информацию с флешки можно было лишь сняв дамп с микросхем. Позже в контроллерах флешек появился механизм трансляции для более равномерного распределения нагрузки на ячейки памяти.