Впрочем, не все учёные согласны с принадлежностью фенека к роду лисиц, указывая на различия в строении и поведении фенеков от прочих лисиц. Например, у фенеков всего 32 пары хромосом, в то время как у других видов лисиц их число колеблется между 35 и 39.
У фенеков нет мускусных желез, характерных для лисиц. Лисицы ведут одичный образ жизни, в то время как фенек - социальное животное. На основании этих различий некоторые учёные выделяют фенека в особой род - "Fennecus".