Нет, не засчитает. Мяч не пересек линию ворот, гола не было, соответственно и засчитывать нечего.
Судья назначит свободный удар в сторону этих ворот.
А вообще, в истории футбола были и обратные случаи, мяч залетал в ворота после рикошета от птицы. И вот тогда он был засчитан.