В начале 2000-х годов несколько лет состояла в близких отношениях с миллиардером Кириллом Шубским (род. 1964), мужем актрисы и режиссёра Веры Глаголевой (1956—2017). Историю своих взаимоотношений с ним Хоркина подробно описала в своей автобиографической книге «Кульбиты на шпильках».
Сын — Святослав Кириллович Хоркин, родился 21 июля 2005 года в Лос-Анджелесе, автоматически получив гражданство США. Она рожала в клинике Cedars-Sinai Medical Center (англ.) методом кесарева сечения, правда, лежала там под чужой фамилией, чтобы её не могли разыскать. После рождения ребёнка роль отца для СМИ взял на себя голливудский актёр Леван Учанейшвили (груз.), однако впоследствии выяснилось, что это было всего лишь прикрытие. В 2011 году отец Хоркиной рассказал, что родной отец внука — бизнесмен Кирилл Шубский.
В апреле 2011 года Хоркина вышла замуж за Олега Кочнова, которому было тогда 55 лет. Олег Кочнов проходил службу в Федеральной таможенной службе и Федеральной службе по контролю за оборотом наркотиков, генерал запаса. После отставки занимал пост помощника губернатора Амурской области, затем — руководитель представительства Амурской области при президенте РФ.
В интервью Хоркина рассказала: «Раньше все меня считали стервой. И это в жизни мне помогало. Я жила только гимнастикой, делала только то, что хотела. Могла манипулировать людьми, которые меня окружали, парнями, которые ухаживали за мной. И с удовольствием это делала». Главный тренер сборной России по спортивной гимнастике Леонид Аркаев подтвердил мнение о том, что она — «стерва».
В октябре 2019 года у Хоркиной в браке с 63-летним чиновником Олегом Кочновым родился второй ребенок — сын Иван.