В 1987 году в Раменском учредил кооператив «Агропласт», который занимался производством полиэтиленовых пакетов на базе Раменского завода пластмасс в Московской области, а также до 1993 года поставками табака[7][19]. В 2003 году в интервью газете «Ведомости» Усманов утверждал, что перестал заниматься продажей табака «из идеологических соображений», поскольку решил, что не станет больше продавать товар, который «несёт угрозу для здоровья людей».[7] В свою очередь, в 2012 году русская версия журнала Forbes утверждала, что причиной такого отказа послужило банкротство компании, вызванное девальвацией рубля.[7]
В 1997 году окончил Финансовую академию при Правительстве РФ по специальности «Банковское дело»[7][19].
В 2007 году компания, связанная с руководством Лондонского футбольного клуба «Арсенал», наняла частного детектива, для того чтобы расследовать прошлое Усманова[19]. Расследование заняло полгода, в это время детектив посещала Ташкент, после чего сообщила заказчикам, что не получила результатов, пояснив, что власти Узбекистана «запутывают» расследование[19]. С 2006 года Усманов является членом Бюро Правления Российского союза промышленников и предпринимателей[26] и в настоящее время возглавляет его Комитет по совершенствованию контрольно-надзорной деятельности и устранению административных барьеров. В августе 2006 года Усманов как частное лицо приобрёл у партнёра Бориса Березовского и Бадри Патаркацишвили 100 % акций издательского дома «Коммерсантъ».
В конце 2006 года стало известно, что Усманов ведёт переговоры о покупке 50 % акций российского спортивного телеканала 7ТВ. Планировалось, что канал войдёт в мультимедийный холдинг, основой которого стал «Коммерсантъ». В 2007 году 75 % акций канала Муз-ТВ также перешли в собственность Усманова. В 2008 году, через общих знакомых с Усмановым познакомился Юрий Мильнер, и в августе Усманов становится акционером DST[27].
В мае 2008 года появилась информация о том, что Усманов договорился о покупке долей в российском операторе сотовой связи «МегаФон» у датского юриста Джеффри Гальмонда, причём по окончании сделки Усманов получит контроль над 31,1 % акций оператора мобильной связи. Ориентировочная сумма сделки — не менее $5 млрд[28][29]. 24 апреля 2012 года изменилась структура акционеров компании «МегаФон», в результате чего «АФ Телеком» Усманова получил контрольный пакет (50 % и одну акцию)[30]. 2 октября 2013 года «МегаФон» объявил о закрытии сделки по приобретению 100 % ООО «Скартел» (Yota) у Garsdale Services Investment Limited[31].
В ноябре 2010 года Фонд Digital Sky Technologies, совладельцем которого является миллиардер Усманов, получил полный контроль над интернет-порталом Mail.Ru. В мае 2013 года группа компаний Mail.ru Group начала выходить из капитала Facebook в рамках IPO американской компании[32]. В 2013 году Mail.Ru Group продала все принадлежащие ей акции социальной сети[33].
В 2012 году основана диверсифицированная международная компания USM Holdings, которая объединила холдинг «Металлоинвест», операторов связи «МегаФон» и «Скартел», лидера интернет-рынка в русскоязычном сегменте Mail.Ru Group, телеканалы Disney Russia, «МУЗ-ТВ» и «Ю». Доли в холдинге распределились следующим образом: Усманов (60 %), структуры Владимира Скоча (30 %) и Фархада Мошири (10 %)[34].
В 2013 году Усманов владел акциями Apple на сумму в 100 миллионов долларов. Продав их, он приобрёл акции китайских технологических компаний, в частности интернет-ретейлеров Alibaba Group и JD.com[35].
В октябре 2016 года представители USM Holding сообщили о том, что Алишер Усманов перестал быть налоговым резидентом России: в 2015 году он провёл за пределами РФ более 183 дней, необходимых для подтверждения статуса налогового резидента. Причинами этому назывались занятие спортивной, благотворительной и филантропической деятельности, а также проблемы со здоровьем. Как отмечает журнал «Forbes», после вступления в силу в России 1 января 2015 года Закона о контролируемых иностранных компаниях некоторые состоятельные россияне поменяли налоговое резидентство, чтобы выйти из-под его действия: по нему российские налоговые резиденты должны платить дополнительные налоги, если их доля в иностранных компаниях превышает 25 процентов, а оборот их компании более 30 миллионов рублей. На налоговых нерезидентов Закон не распространяется[36]. Сам предприниматель пообещал вернуться в статус резидента РФ после окончания работы президентом Международной федерации фехтования[37] (27 ноября 2016 года Усманов был избран президентом FIE на очередной четырёхлетний срок; пост президента FIE он занимает с 2008 года[38]). В 2018 году Усманов занял восьмую строчку в рейтинге The Sunday Times Rich List[en] среди 1000 самых богатых людей Великобритании[39].