Дело Нурпаши КулаеваОсновная статья: Кулаев, Нурпаша Абуркашевич
Единственный пойманный террорист, Нурпаша Кулаев, был задержан 3 сентября на выходе из столовой, через полтора часа после первых взрывов в спортзале[69].
На судебном процессе, длившемся с 17 мая 2005 года по 26 мая 2006 года, Кулаев держался спокойно и упорно отрицал свою вину, в том числе опровергая показания, данные им же во время предварительного следствия[152]. Преимущественно, 24-летний чеченец настаивал на том, что о готовящемся захвате школы он не знал, в банду был загнан насильно, заложников не бил, давал им воду и ни в кого не стрелял[103][152]. По словам Кулаева, большую часть времени он провёл в столовой, откуда сбежал на третий день во время штурма[97].
Утверждения Кулаева суд счёл несостоятельными, так как ряд пострадавших изобличили Кулаева в жестоком обращении с заложниками. В частности, приводились примеры, как Кулаев на просьбы дать детям воду отвечал отказом в бранной форме или наносил заложникам удары прикладом автомата[3]. Также некоторые заложники засвидетельствовали, что Кулаев производил выстрелы над их головами, применял насилие в отношении находящихся в спортзале малолетних детей и заставлял их становиться к окнам в качестве «живых щитов»[4]. Кроме того, согласно акту судебно-медицинской экспертизы от 5 сентября 2004 года, у Кулаева имелись кровоподтёки обоих плеч, которые могли образоваться от действия тупых твёрдых предметов, таких, как приклад автомата[5].
В конечном итоге, Кулаев был признан виновным по ряду статей, включая терроризм, захват заложников, убийство двух или более человек, незаконное изготовление оружия и посягательство на жизнь сотрудников правоохранительных органов[5]. Кулаев был приговорён к смертной казни, но ввиду моратория на данный вид наказания, окончательная мера была изменёна на пожизненное заключение в колонии особого режима[5]. Поскольку Кулаев отсутствовал в Верховном суде РФ на рассмотрении кассационной жалобы на приговор, вынесенный Верховным судом Северной Осетии, возникли подозрения, что он уже мёртв, но ФСИН опровергла эту гипотезу[215]. По состоянию на 2013 год, Кулаев отбывал срок в колонии «Полярная сова», расположенной в посёлке Харп Приуральского района Ямало-Ненецкого автономного округа[216][217].
Дело милиционеров Правобережного РОВДВ марте 2006 года, параллельно суду над Кулаевым, начались слушания по делу милиционеров Правобережного РОВД. Начальник отдела на момент теракта, Мирослав Айдаров, и его заместители, Таймураз Муртазов и Гурам Дряев, обвинялись в преступной халатности, в результате которой боевики смогли беспрепятственно проехать из Пседаха в Беслан и захватить школу[218]. На момент начала заседаний все трое обвиняемых уволились из правоохранительных органов[219][220].
Согласно прокурору, Муртазов, Айдаров и Дряев не приняли комплекс должных мер по предупреждению, выявлению и пресечению террористических актов[218]. В частности, в РОВД, в июле — августе 2004 года, поступило несколько телетайпограмм, в том числе от замминистра МВД Северной Осетии, Маирбека Моураова[221]. Одна из телетайпограмм предупреждала о необходимости приведения в негодность для проезда автотранспорта дороги на границе с Ингушетией, тогда как в другой сообщалось о перемещении участников НВФ в горную лесистую местность Ингушетии с намерением захвата гражданского объекта на территории РСО — Алания[218][221]. Айдаров и его заместители не выполнили указаний, и боевики смогли беспрепятственно проехать к школе, которая охранялась только одним безоружным инспектором по делам несовершеннолетних, Фатимой Дудиевой[218]. Экипаж ГИБДД из двух сотрудников, который должен был находиться возле школы, также отсутствовал, о чём неоднократно упоминали бывшие заложники на процессе по делу Кулаева[56][98]. Утром 1-го сентября пост ГИБДД был снят и направлен на федеральную трассу «Кавказ», по которой в это время должен был проезжать кортеж Александра Дзасохова[56]. С предъявленными обвинениями Айдаров, Муртазов и Дряев не согласились и виновными себя не признали[218].
Судебный процесс продлился до середины 2007 года, однако 22 сентября 2006 года Госдумой было принято постановление № 3498 «Об объявлении амнистии в отношении лиц, совершивших преступления в период проведения контртеррористических операций на территориях субъектов РФ, находящихся в границах Южного федерального округа»[222]. 29 мая 2007 года, после ходатайства адвоката и в отсутствие обвиняемых, председательствующий судья Валерий Бесолов огласил решение о прекращении дела в отношении милиционеров как попадающих под амнистию согласно постановлению № 3498[223]. Потерпевшие, присутствовавшие при оглашении вердикта, не согласились с вынесенным решением и разгромили зал заседаний[224].
Дело милиционеров Малгобекского РОВДВ июне 2007 года начался судебный процесс над начальником Малгобекского РОВД Мухажиром Евлоевым и его заместителем, Ахмедом Котиевым. Как и их осетинские коллеги, Евлоев и Котиев обвинялись в халатности, повлёкшей за собой тяжкие последствия[225]. Согласно следователям, Евлоев и Котиев, являясь должностными лицами МВД Республики Ингушетия, не предприняли должных мер к охране общественного порядка на территории Малгобекского района, где, в районе селений Сагопши и Пседах, находился лагерь террористов[226]. Дело Евлоева и Котиева рассматривалось Верховным судом Ингушетии на территории Верховного суда Кабардино-Балкарии, в Нальчике. Присяжных отбирали из ингушских жителей, специально привезённых в Нальчик на автобусе[227]. Место проведения суда и выбор присяжных вызвали ряд сомнений в объективности суда, учитывая, что многие террористы были этническими ингушами[227], поэтому часть пострадавших от теракта решила бойкотировать процесс[225].
Суд продлился более четырёх месяцев и закончился вынесением оправдательного приговора обоим подсудимым. Общественная организация «Голос Беслана» обжаловала решение суда[228], но Верховный суд РФ признал приговор законным[229].