Для поимки Попкова полицейские взяли на анализ слюну более 3500 подозреваемых, в том числе и бывших полицейских, и сравнили ее с материалом убийцы. Сдав анализ, Попков понял, что его задержание это лишь вопрос времени. Он не стал скрываться, уничтожил все улики, сжег старую одежду и форму, и ждал, когда за ним придут. Задержали маньяка в 2012 году, когда он уже занимался перегоном автомобилей из Владивостока. Наручники на него надели в поезде, когда он ехал за новой машиной.
Сейчас Попков активно сотрудничает со следствием, дает чистосердечные признания и рассказывает все в мельчайших подробностях. По одной из версий, преступник сотрудничает со следствием только лишь для того, чтобы подольше задержаться в СИЗО, где условия мягче, чем в колонии строгого режима. Себя он называет «чистильщиком», говорит, что избавлял город от девушек непристойного поведения, на что его якобы побудила измена жены. Следователи доказали 22 убийства, совершенных Попковым, еще 47 дел они уже готовы передать в суд. Недоказанными остаются 12 убийств, которые, по версии, следователей также лежат на совести ангарского маньяка.