В начале июня президент компании косвенно подтвердил возможность ухода в отставку. В интервью «Интерфаксу» Якунин сообщил, что может не застать запуск высокоскоростной магистрали (ВСМ) «Москва-Казань» в качестве президента РЖД, которую глава компании рассматривал как свое главное детище. Спустя месяц после подписания основных документов и начала проектирования магистрали Якунин ушел.
Якунин станет первым руководителем крупной госкомпании, который покидает свой пост по собственному желанию. 67-летний Владимир Якунин возглавляет РЖД с 2005 года. До этого он работал заместителем министра транспорта, курировав деятельность морских портов России, и вице-президентом РЖД по финансово-экономическим вопросам.
Под руководством Якунина РЖД прошла через период масштабных структурных преобразований. В частности, был начат процесс либерализации рынка пассажирских и грузовых вагонов: одна часть из них была сдана частным перевозчикам в аренду, другая продана. Также компания продала контрольный пакет в «Первой грузовой компании» (ПГК), в одном из крупнейших операторов грузовых перевозок.
За время работы Якунина посту президента РЖД появились «Сапсаны», соединяющие Москву и Санкт-Петербург. В регионах были запущены скоростные «Ласточки». На сайте РЖД начали продавать билеты через Интернет, а в вагонах стали появляться кондиционеры. В последний год на дороги вышли «Стрижи» и двухэтажные составы. В Воронеж отправился первый двухэтажный сидячий поезд. Порт Усть-Луга заработал на полную мощность, начиная отбирать транзитные грузы у Прибалтики.
Были и плохие истории – рост цен на проезд, конфликты с регионами из-за электричек.
В 2014-2015 годах в отрасли стала обсуждаться либерализация рынка услуг сменного сопровождения грузов.