Однако разразившийся в 1998 году экономический кризис нанёс серьёзный удар по банковскому сектору России. Впервые лицензию у банка «Империал» отозвали 25 августа 1998 года.
Стремительное банкротство банка «Империал» стало одним из самых скандальных и таинственных случаев в новейшей истории российских кредитных организаций
— «Всемирная история банкротств-2»//Приложение к Новой газете № 5(27) март 1999
В мае 1999 года банк был признан банкротом. В июле 1999 года суд принял беспрецедентное решение — запретил Центробанку отзывать лицензию у «Империала». Так и не оправившись после кризиса, банк повторно лишился лицензии 20 января 2004 года «в связи с неисполнением банком федеральных законов, регулирующих банковскую деятельность, а также нормативных актов Банка России, неспособностью удовлетворить требования кредиторов по денежным обязательствам и исполнить обязанность по уплате обязательных платежей»[4]