А Шайгу разве должен командовать войсками?
МО это в первую очередь министерство, а тактику и стратегию боевых действий разрабатывает и проводит генштаб. А есть ещё командующий операции и его штаб.
По сути тот мятеж это отражение клановой войны, "битва бульдогов под ковром", а мы наблюдаем горбы на ковре.
Главное это то что официальных мятежников никто не пытался тормозить, кроме авиации МО, но и тут не обнародованы те кто именно приказал авиации наносить удары. Вот только кроме генштаба некому и то только с непосредственного решения главнокомандующего РФ.