Насколько я помню, это зависит от уровня соревнований. На всех международных действует такой запрет. Лыжники на кубке Европы выступали под Российским флагом, а на международном - уже под нейтральным.
Так что в wrc просто следуют законному решению, вот и всё.
Да и запрет сравнительно мягкий. В том же Ф1 машину вполне спокойно раскрасили в бело-сине-красный и всех всё устраивает. Флаг нейтральный? Тогда отвалите.