Вообще FR должен распознавать такие вещи, они даже презентацию как то делали с рапознованием подобных документов для ЭДО, причем именно распознование идет послойное.
На самом дель, PDF и есть многослойный документ, это просто мы привыкли думать что это не так. В нем реализовано очень много защит от копирования именно с помощью многослойности! Так же многослойность позволяет работать с ПДФ для правок. То есть, есть изначальный проект в пдф, каждый человек может внести правку в него, но изначальный слой остается нетронутым, а слои добавляются по мере сохранения этого документа, и в любой момент можно вернутся или к изначальному состоянию или в определенной правке.
yaplakal.com