Собсно как и почти любое другое вооружение.
А вообще что экранировать то? Только управляющую электронику и систему наведения, которой не так уж и много. Конденсаторы от ЭМИ вряд ли пострадают, а если что и случится с зарядом — зарядят заново.
Также возникает вопрос, как доставить ЭМИ-бомбу к кораблю, который простреливает местность вокруг себя на несколько сот километров, и уж наверняка оборудован противоракетной и противоторпедной защитой.