Фостер совершила каминг-аут и призналась, что с 1993 года живет с продюсером Сидни Бернард, с которой познакомилась на съемках фильма «Соммерсби». Правда, вскоре они расстались.
Затем Джоди встречалась с другой девушкой-продюсером — Синди Морт.
Недолгие отношения связали ее с певицей Софи Хоукинс, которая по примеру Фостер родила двоих детей от неизвестного отца.
В 2013 году на церемонии вручения премии «Золотой глобус» Джоди Фостер заявила о своих сексуальных предпочтениях в прямом эфире, радуясь тому, что теперь можно сказать правду не только членам семьи и лучшим друзьям.
Вскоре Фостер познакомилась с фотографом Александрой Хедисон, с которой 23 апреля 2014 года сыграла свадьбу в Лос-Анджелесе. До этого Хедисон несколько лет встречалась с актрисой Эллен Дедженерес.