Начнем с того что весы показывают совсем не массу тела, а лишь силу приложенную к рычагу
когда муха взлетела она создает две силы: давления крыльев на воздух и соответственно давление воздуха на дно бутылки+ турбулентные силы по все поверхности бутылки.
Собственно когда муха взлетит - ничего не изменится, тк система замкнута: закон сохранения материи/энергии/импульса пока никто обмануть не может(пытается только EmDrive и то все это сомнительно)
А вот если открыть бутылку, система перестанет быть замкнутой и турбулетность вызовет понижение давления воздуха в бутылке - уменьшение вещества и веса.
Когда муха совсем улетит, то вес уменьшится еще.