Я же ответил уже!
По изменению спектра звёзд, которые перекрывает планета.
Атмосфера, она обычно прозрачная (даже если мутная из-за ветров).
При прохождении планеты перед звездой есть небольшой промежуток времени, когда лучи от звезды проходят сквозь атмосферу (по касательной к поверхности). Спектр прошедшего света меняется. По его изменению и считают состав атмосферы - каждый газ имеет свои частоты поглощения.