Хм.. мне кажется командой логофф Вы пытаетесь очистить сеесии всех юзеров что не отключились из 1с. Это забивание гоздя микроскопом, гораздо проще делать это самими командами адын эс.
А по поводу запуска 1с потом:
7.7
"Для начала приведу ключи запуска программы из командной строки (как не странно, много раз с удивлением убеждался, что не всем они известны) :
1cv7.exe MODE [ /M | /D<Path> | /U<Path> | /N<Name> | /P<Pass> ],
где MODE - режим запуска, может принимать только одно из трех значений :
config - режим конфигуратора;
debug - режим отладчика;
enterprise - нормальный (рабочий) режим.
следующие ключи опциональны :
/M - запуск программы в монопольном режиме;
/D - каталог базы данных;
/U - рабочий каталог пользователя (каталог из списка пользователей игнорируется);
/N - имя пользователя;
/P - пароль пользователя;
Например при выполнении такой команды : 1cv7 enterprise /DD:\Dbase /NИванов /P123,"
В 8ке что то подобное не помню.
И там уже прописать что при начале работы системы с тамик то логином- сделать то, то и вот то