История появления Учкудука связана с обнаружением в 1950-е годы в этой местности советским инженером Александром Матвеевым залежей урана, в котором СССР остро нуждался.
По представлениям геологов того времени, урановые руды могли быть обнаружены только в горах, поэтому сначала были открыты залежи в районе поселения Янгиабад Узбекской ССР и в Киргизской ССР.
Над месторождением приборы зафиксировали мощнейший всплеск излучения, о чём доложили в Москву. Срочно была организована геологоразведочная экспедиция для более детальной оценки месторождения.
Руководство экспедиции распорядилось выкопать три колодца, вода из которых использовалась для питья, а также для гигиенических потребностей и технических нужд. Отсюда и название Учкудук (три колодца).