Как и на любой другой субмарине, на "Нептуне" имеются системы вентиляции и кондиционирования воздуха, водоснабжения, уравнительно-дифферентная система, штурманское оборудование, средства связи, наблюдения и управления, буксирное и швартовное устройства.
Экипаж аппарата состоит из трех человек: капитана-пилота, механика и гида-стюарда, отвечающего за обслуживание пассажиров. "Нептун" рассчитан на экскурсию при волнении моря до двух баллов, где скорость течения не превышает одного узла и обеспечивает проведение семи экскурсий в сутки продолжительностью по одному часу. За сутки "Нептун" способен выполнить 6-7 рейсов. Первый рейс субмарина совершила 23.11.1992 года.
В пассажирском салоне было установлено 22 иллюминатора, вдоль которых размещались кресла для туристов. Каждое "окно" было рассчитано на двух пассажиров.Для эксплуатации «Нептуна» осенью 1992 года был создан российско-итальянский консорциум «Нептун». Его учредителями стали конструкторское бюро «Рубин», северодвинский "Севмаш" (в равных долях) и итальянская фирма "Cortina", владеющая туркомплексом на одном из островов в Карибском море.